代办二类医疗器械备案是指由第三方机构或个人代表企业进行二类医疗器械备案过程中的各项操作和申报工作，以缩短备案时间、降低备案成本并增加备案成功率。

作为一种新型的商业服务模式，代办二类医疗器械备案的出现为企业在备案过程中减少了繁琐的步骤及时间消耗提供了可靠的选择。但是，在选择代办备案机构时，需要注意以下几点：

首先，要考虑代办机构的实力和信誉度。选择一个专业的，具有完善的服务流程与专业的备案团队的代办机构，可以降低备案风险，提高备案的成功率。

其次，需要关注代办机构的资质认证情况。合法经营、合规合法才能够有效地保障企业备案的顺利进行，所以选择拥有相关资质的代办机构尤为重要。同时，还需查看其历史业绩情况，以了解其专业技术水平、服务质量和帮助企业备案的可靠程度等方面。

然后，需要对比代办机构的价格和服务内容。代办备案机构的收费标准应该透明合理，且能够符合企业的实际需求。因此，企业需要对比不同代办机构的价格和服务内容，选择可以给出详细明确备案方案及备案流程的机构。

要注意代办机构的保密工作。在备案过程中，涉及到相关企业的技术细节、经营秘密信息等敏感信息，所以入选的代办机构必须具备一定的保障措施，保障企业的权益和数据安全。

选择一个可靠的代办机构能够帮助企业降低备案成本与风险，缩短备案时间，提高备案成功率。同时，企业在选择备案机构时，也需要关注相关的资质认证、服务内容和隐私保护等方面，才能够找到适合自己的代办备案机构。